Für die IGS Waldschule Egels in Aurich gilt für die Fachleistungsdifferenzierung zunächst und grundsätzlich die Vereinbarung der KMK, die besagt, dass im Jahrgang 7 die Fächer Englisch und Mathematik, im 8. Jahrgang das Fach Deutsch und im 9. Jahrgang die Naturwissenschaften auf mindestens zwei Niveaus zu differenzieren sind.
Diese Kurse werden als A- und B-Kurse bezeichnet.
Die Größe der Fachleistungskurse richtet sich nach den Vorgaben des Kultusministeriums. Allerdings ist festgelegt, dass die B-Kurse kleiner sein dürfen als die A-Kurse. Vor der endgültigen Kurszuweisung, die mit dem LEB am Ende des 6., 7. oder 8. Schuljahres ausgesprochen wird, wird den Eltern/ Erziehungsberechtigten eine Prognose mitgeteilt. Diese erfolgt in der Regel zu Beginn des 2. Halbjahres der genannten Schuljahre.
Die Kurszuweisung ist eine Entscheidung der jeweiligen (Fach)Lehrer und Lehrinnen, wobei ein Kurswechsel in der Regel zum Beginn eines neuen Schuljahres erfolgen sollte. Er muss von der jeweiligen Klassenkonferenz, die den LEB berät beschlossen werden. Auch der Unterricht in den Fachleistungskursen ist Unterricht in heterogenen Gruppen, d. h., die Kolleginnen und Kollegen müssen davon ausgehen, Kinder und Jugendliche mit unterschiedlichen Begabungen, Interessen und Lernbiographien vor sich zu haben.
Für die Schülerinnen und Schüler hat die Fachleistungsdifferenzierung die besondere Bedeutung, dass die Leistungen, die sie dort erbringen, sich in besonderer Weise auf die Abschlüsse auswirken. Für manche bringt diese Form der Differenzierung daher einen Leistungsdruck mit sich, der manchmal als Widerspruch zu dem Anspruch und den pädagogischen Vorstellungen einer IGS gesehen wird. Ja man kann sagen, dass für manche Vertreter der Gesamtschule die Fachleistungsdifferenzierung einen Sündenfall darstellt. Eine Diskussion dieses Problems kann allerdings im Rahmen dieser Darstellung nicht geleistet werden.
Zu Fachleistungskursen gehören auch Stütz- und Liftkurse. Auch die IGS Waldschule Egels in Aurich richtet solche Kurse ein, die in der Regel im AG-Band plaziert sind. Sie beziehen sich auf das Erreichen der Ziele in den A-Kursen und sollen Schülern und Schülerinnen die Möglichkeit geben, entweder in den höheren Kurs aufzusteigen oder in diesem bleiben zu können.